Wnętrza muzeum są podzielone na część audiowizualną i ekspozycyjną.
Po obejrzeniu filmu i naściennej projekcji przybliżających nam postać i dzieło św. Brata Alberta, można zwiedzić zaaranżowane wnętrze komory celnej z okresu zaboru rosyjskiego z zabytkowymi eksponatami z jej wyposażenia.
Pomieszczenie to sąsiaduje z rekonstrukcją jednego z pokojów mieszkalnych rodziny naczelnika komory, które mieści się w tym samym domu. W nim zgromadzono pamiątki i meble w większości pochodzące z XIX wieku, od wielu lat troskliwie przechowywane przez Zgromadzenie. Wnętrze to ma przybliżać zwiedzającym klimat, jaki mógł panować w domu zamieszkałym przez rodzinę Chmielowskich.